دكتر مصطفی چمران  از 15 سالگی در درس تفسیر قرآن مرحوم آیت الله طالقانی، در مسجد هدایت، و در درس فلسفه و منطق استاد شهید مرتضی مطهری و بعضی از اساتید دیگر شركت می كرد و از اولین اعضای انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران بود. در مبارزات سیاسی دوران مصدق از مجلس چهاردهم تا ملی شدن صنعت نفت شركت داشت . بعد از كودتای ننگین 28 مرداد و سقوط دولت دكتر مصدق در لوای یك گروه سیاسی  سخت ترین مبارزه ها و مسئولیتهای او علیه استبداد و استعمار شروع شد و تا زمان مهاجرت از ایران، بدون خستگی و با همه قدرت خود، علیه نظام طاغوتی شاه جنگید و خطرناك ترین مأموریتها را در سخت ترین شرایط با پیروزی به انجام رسانید.

چمران در آمریكا، با همكاری بعضی از دوستانش، برای اولین بار انجمن اسلامی دانشجویان آمریكا را پایه ریزی كرد و از موسسین انجمن دانشجویان ایرانی در كالیفرنیا و از فعالین انجمن دانشجویان ایرانی در آمریكا به شمار می رفت كه به دلیل این فعالیتها، بورس تحصیلی شاگرد ممتازی وی از سوی رژیم شاه قطع می شود. او پس از قیام خونین 15 خرداد سال 1342 و سركوب ظاهری مبارزات مردم مسلمان به رهبری امام خمینی (ره) دست به اقدامی جسورانه و سرنوشت ساز می زند و  به همراهی بعضی از دوستان مؤمن و همفكر ، رهسپار مصر می شود و مدت دو سال در زمان عبد الناصر سخت ترین دوره های چریكی و پارتیزانی را می آموزد و به عنوان بهترین شاگرد این دوره شناخته شده و فوراً مسئولیت تعلیم چریكی مبارزان ایرانی را بر عهده می گیرد .

وی به علت برخورداری از بینش عمیق مذهبی، از ملی گرایی ورای اسلام ، گریزان بود و وقتی در مصر مشاهده نمود كه جریان ناسیونالیسم عربی باعث تفرقه مسلمین می شود، به جمال عبد الناصر اعتراض كرد . ناصر ضمن پذیرش این اعتراض گفت كه جریا ن ناسیونالیسم عربی آنقدر قوی است كه نمی توان به راحتی با آن مقابله كرد . چمران نیز با تأسف تأكید می كند كه ما هنوز نمی دانیم كه بیشتر این تحریكات از ناحیه دشمن برای ایجاد تفرقه در بین مسلمانان است. از آن پس به چمران و یارانش اجازه داده می شود تا در مصر نظرات خود را بیان كنند.